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既然后生元的主要來源是滅活益生菌，那么哪一類益生菌經滅活處理后效果最佳呢？目前，動物生產中使用的益生菌有乳酸桿菌、雙歧桿菌、芽孢桿菌和酵母等，而由于乳酸菌自身不穩定的原因，使用較為廣泛的益生菌主要是芽孢桿菌和酵母類。然而，隨著后生元概念的提出，乳酸桿菌和雙歧桿菌這兩類將是后生元發展的主要方向。
首先，后生元很好地解決了活菌存在的穩定性差和潛在的安全風險，因此安全性更高和效果更為明顯的腸道原籍菌乳酸菌將成為后生元開發的主力。相比于其他菌株，乳酸桿菌和雙歧桿菌是唯一被批準可用于嬰幼兒食品的菌種（見表1），表明了這兩類乳酸菌在實際使用過程中的安全性和有效性；同理，滅活雙歧桿菌或滅活乳酸桿菌無疑在使用安全性和有效性上要優于其他類滅活益生菌。
表1 《可用于嬰幼兒食品的菌種名單》2021.4.25
其次，后生元主要由滅活菌體及其代謝產物組成，這兩者是后生元發揮促進腸道有益菌定植和調節機體免疫的基礎。相比于芽孢桿菌和酵母等腸道過路菌，以來自于腸道原籍菌的乳酸菌菌體成分作為腸道固有益生菌的營養源，其同源相似度更高，在促進腸道固有益生菌定植生長上效果更為顯著。此外，乳酸菌是腸道微生物免疫識別的老朋友，乳酸菌菌體成分在調節機體免疫上更為直接和高效，而滅活芽孢桿菌和酵母可能會引起機體非必要的免疫活動，增加營養消耗。
最后，益生菌在代謝過程中會產生細菌素等抑菌物質，這些抑菌物質可以抑制和殺滅其他微生物進而促進自身的生長繁殖，是微生物的一種自我保護機制。滅活乳酸菌含有的抑菌類代謝產物在抑制致病菌的同時不會影響且可以促進腸道內有益菌的定植生長，具有選擇性廣譜抑菌的作用，而芽孢桿菌等非乳酸菌類滅活益生菌可能會抑制腸道有益菌生長，破壞腸道菌群的平衡。


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